位于湄洲岛北部祖庙山上的妈祖庙，是当今世界上3000多座妈祖庙的祖庙，是全球2亿多妈祖信众的精神故园。
“灵妃一女子，瓣香起湄洲”(宋·刘克庄)。妈祖(960～987)原名林默，又名林默娘，传说她幼读诗书，得道于玄通法师，善于治病救人，勇于拯溺济困。宋雍熙四年(987)九月初九，时年28岁的林默娘，在湄洲岛羽化升天。人们为了纪念这个一生行善的渔家姑娘，当年就在她升天的地方立庙奉祀，并亲切地叫她“妈祖”。莆田的林氏后裔则称；其为“祖姑”。传说她逝世后成了渔民的保护神，“神功广大，尤其于江淮河海之中，上为国家保卫转输，下为生民拯救陷溺。”历代封建统治者对妈祖崇敬有加，不断予以褒封。随着妈祖地位的提高，湄洲妈祖庙的规模也逐渐扩大。北宋初的“通贤神女”庙仅“落落数椽”，南宋时已是“参差宫殿奉晴空”(黄公度《题顺济庙》)的景象了。明代，郑和(1371～1435)还奉旨上岛主持御祭并大兴土木，形成了“宫殿凌云”气派非凡的妈祖庙建筑群落。清康熙二十二年(1683)进行大规模的整修和扩建，妈祖祖庙拥有正殿、偏殿等；组建筑群，16座殿堂楼阁，99间斋舍客房，庙宇依山而筑，金碧辉炽.嵯峨壮观，俨然“海上龙宫”。前人有诗赞曰：“依山凿石起楼台，绝顶登临亦壮哉。且喜峰头堪坐啸，不知海外有飞埃。烟消岛屿千帆集，月照沧溟一镜开。鲸浪渐平寰宇净，此生何幸临蓬莱。”
宋代以来，民众自发的妈祖信仰由于得到历代统治者的鼓励而广泛流传，随着华人的出海谋生和全球性的迁徙扩展开来，形成了瑰丽神奇，蔚为壮观的“妈祖文化”。1979年元旦，叶剑英元帅发表《告台湾同胞书》后，给海峡两岸民间交流提供了一个良机，交流是从朝谒湄洲妈祖庙开始的。台湾同胞的到来引起了大陆民众和各级政府的重视，妈祖庙的修复重建工作也逐渐从自发走向有序。祖庙建筑以屹立在海拔80米的山顶上的妈祖石雕像为中心，分北、西、南三条轴线向山下展开。北轴线是一千年来陆续建成的建筑物的恢复，长约400米，其核心妈祖寝殿是现存惟一的民国年间重建的建筑物，左右两边共有建筑物36处，形成了原始的错落有致的民间特色的建筑群，总建筑面积5000多平方米；西轴线自山脚的广场至山顶，依次是大牌坊、左右长廊及妈祖事迹陈列室、山门、仪门、庆典广场及左右对称的钟鼓楼、正殿、朝天阁、升天楼、妈祖石像。从山门至升天楼、从升天楼至妈祖石像的石级分别是323级、、99级，象征着妈祖诞辰日三月廿三、升天日九月初九。
位于朝天阁右前方的寝殿又称正殿，现有建筑是在宋雍熙四年创建的妈祖庙的基础上重建的，分前殿、后殿，中有天井。殿虽不大，香火最盛。殿中供奉镇殿妈祖、出游妈祖、宋代石雕妈祖，两旁塑有司花、司秀两个侍女，以及四大部将和“水阙仙班十八将”。殿中有“郑和下西洋化险为夷”“施琅平海候风赐泉”等妈祖故事壁画。廊柱上有联：“四海恩波颂莆海，五湖香火祖湄洲。”门柱上有一对奇联：“齐齐齐齐齐齐齐齐齐齐戒；朝朝朝朝朝朝朝朝朝朝音。”齐通斋，朝通潮，此联有多种读法，但归结为“齐齐斋戒”和“朝朝潮音”之意，上联寓意民众对妈祖的虔诚，下联点明祖庙所在地的自然特征。祖庙东南山脚海岸上有大面积凹凸不平的辉绿岩，吞吐潮汐，形成八音繁会的海浪礁石交响乐。这一阕“湄屿潮音”被列为“莆田二十四景”之一。
2002年秋季建成的南轴线工程是一组气魄宏大的建筑群，依山就势，鳞次栉比，外形酷似西藏布达拉宫，典雅庄重，气势非凡，建筑风格俨然一派古代皇城风范。整个建筑为五进，分牌楼、山门、钟鼓楼、献殿、南北庑殿、妈祖殿、寝殿等12个项目，从牌楼到妈祖石雕像的轴线总长323米，天后殿总建筑面积为999平方米。祖庙东轴线新建筑群超过8万平方米，为妈祖祖庙增添了无限风光。
位于山顶的妈祖石雕像建于1990年，是厦门大学艺术系教授、著名雕塑家李维杞设计的，像高14.35米，用365块花岗石雕砌，象征着妈祖一年365天，天天保佑着14.35平方公里湄洲土地上的百姓平安幸福。妈祖头戴冕毓，身着霞披，手持玉如意，仪态雍容，表情慈祥，遥望大海。妈祖眼望的正前方就是台湾。在台湾鹿港朝天宫也有一尊模样相同的妈祖石雕像与之隔海相望，共同祈求台湾海峡海不扬波、和平安宁。
祖庙山上有不少石刻。较著名的有寝殿后的“升天古迹”石刻，传说妈祖在这里羽化升天。寝殿左侧山崖上有“观澜”石刻及诗刻，系明代南日水寨将领秦邦錡所书。
