莆田的道教建筑，除三清殿之外，莫过于明代原构的兴化府城隍庙了，为省文物保护单位。
明洪武三年(1370)兴化知府盖天麟迁建原子城内西北角的军城城隍庙于现址，明宣德五年(1430)、明弘治二年(1489)、明嘉靖三十八年(1559)和明万历三十四年(1606)、明崇祯四年(1631)和清代，先后由地方府、县官员主持维修或扩建。原占地18亩，由照墙、外埕、内埕、大门、通道、仪门、月台、戏台、中门、风火门、镇壶楼、正殿、两庑、寝殿和配套建筑二忠祠、节孝祠等组成，主祀洪武初敕封的宋末抗元志士、邑人陈瓒(1232～1277)为府城隍神。民国年间镇壶楼内尚存的一尊1米多高的宋少帝航海来莆时的内宫遗物铜观音像，1950年已毁。
现建筑群仅存仪门、正殿、寝殿，占地约1000多平方米，坐北朝南。正殿面阔5间、进深4间，重檐歇山顶，抬梁穿斗结构。殿的梁架斗拱基本保存明代的结构营造法式，斗和补间铺作存有宋代手法，因为运用减柱法，使利用空间也得到了很好的体现。仪门和寝殿仍然保持明末建筑风格。殿中尚保存重修兴化府城隍庙碑、重修二忠祠碑和其他文物。但二忠祠、节孝祠已于2001年被房地产公司毁。
城东的瑞云祖庙，位于明清官道今拱辰的头亭路旁。始建于明洪武年间(1368—1398)，明嘉靖年间(1522～1566)倭乱被毁，明万历三年(1575)重建，清康熙五十二年(1713)扩建，近代有重修。
该庙主祀戏神田公元帅，原莆田县祀田公元帅皆由此分灵，所以被尊为祖庙。现存瑞云祖庙总占地约800平方米，坐北朝南，由过路亭、山门、门厅、正殿、观音殿组成。正殿面阔3间，进深3间，抬梁穿斗结构，悬山顶三坡段屋盖，梁架斗拱保持清代风格。庙中存清代石柱联、明代抱鼓石、清乾隆水利碑刻一通、明“母仪”坊额一块。现藏于市博物馆的原属于祖庙的“志德牌”，内容叙述清乾隆二十七年32班戏班联名志谢地方官体贴禁事及当时莆仙戏的状况。已被公布为市文物保护单位的瑞云祖庙戏台，由演出戏台、后台乐座和左右厢房组成，演出戏台是明清神诞时戏班献演的地方，用4木柱，宽深各4米，高4.5米单檐歇山顶，顶棚的斗拱藻井雕刻精美。
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